Если человеческое я находится в душе, а не в мозге, то почему оно так сильно изменяется при повреждении мозга?

Это не правильное понимание души. В данном примере речь идет о тонком теле человека, состоящем из ума, разума и эго. Душа-Я имеет вообще внематериальную природу и материальные события на нее никак не влияют.

"Я" и есть душа, дух, атман, тетан и пр. ---сам человек, не его ум или тело.
Опыт записывается в уме, а болезненный опыт -- в той части ума, которая называется: реактивный ум, поскольку он просто реагирует, а не анализирует. Позже этот опыт может диктоватьчеловеку поведение, настроение и т. д.
Как в старом анекдоте: Таракан, ползи! --Таракан оглох!

потому что у него сбой в его мозге, это серьезно и мистично, потому что он становится уже иным человеком

оно не меняется, меняется способ его представления о мире и о себе

а есть люди, которые без половины башки живут нормально.
Здесь фактов и в ту и в другую сторону 50 на 50..

Душа есть некое информационное поле. Возможно там записано все: опыт предыдущих поколений, опыт сегодняшний, переживание и прочее. Это поле разумеется изменяется, но не быстро и не радикально. Изменение личности при повреждении мозга может быть объяснено феноменом "испорченного телефона", то есть мозг начинает обрабатывать сигналы поля с искажениями (в случае незначительных отклонений) или же тем, что в теле человека поселилась другая сущность (в случае радикальных изменений)

если помнишь со школы "Горе от ума". Мы не придавали никакого значения, но ум наш стал всецело не послушным.

Дураки и маразматики все равно молитвы помнят

Это несовершенство плоти, материи, тела.