1. Если я Вас правильно понял Вы говорите об импорте товаров на территорию России.
Применительно, к этой ситуации контролирующие органы дают следующие разъяснения. Если ввоз товаров осуществляется налогоплательщиком через агента, то принять к вычету сумму НДС вы сможете после того, как оприходуете товар, ввезенный агентом, а также при наличии документа, подтверждающего оплату суммы налога агентом, и таможенной декларации на ввозимые товары. Кроме того, у вас должен быть агентский договор, предусматривающий уплату НДС агентом с последующей компенсацией этих сумм принципалом (Письма Минфина России от 26.10.2011 N 03-07-08/297, от 25.04.2011 N 03-07-08/123).
Таким образом, НДС, уплаченный агентом при импорте товаров, принимается к вычету у принципала на основании таможенной декларации (ее копии) .
2. В соответствии с абз. 1 ст. 1006 Гражданского кодекса РФ принципал обязан уплатить агенту вознаграждение в размере и в порядке, установленных в агентском договоре.
Следовательно, каким будет вознаграждение (фиксированное или в виде % от стоимости сделки) решают стороны агентского договора при его заключении.