как работать ООО с организациями, освобожденными от НДС? какие подводные камни???

Работать также, как и со всеми остальными. Единственное, брать у них копии писем из налоговой, подтверждающие применение соотв. спец. налогового режима. И не забывать, что при приобретении товаров, работ, услуг у таких организаций не будет входящего НДС-а.