В паспортном столе могли ввести вас в заблуждение вот в каком плане, вашего согласия на регистрацию новой жены по месту проживания вашего бывшего мужа не требуется.
В данном случае применимо правило ст. 679 ГК РФ
С согласия наймодателя, нанимателя и граждан, постоянно с ним проживающих, в жилое помещение могут быть вселены другие граждане в качестве постоянно проживающих с нанимателем. При вселении несовершеннолетних детей такого согласия не требуется.
Вселение допускается при условии соблюдения требований законодательства о норме общей площади жилого помещения на одного человека, кроме случая вселения несовершеннолетних детей.
Т. е. если после регистрации новой жены вашим бывшим мужем уменьшится норма общей площади на человека, зарегистрированного в данной квартире, тогда в регистрации может быть отказано. Возможно они имели ввиду данный момент.