Мда... Вопрос видимо не о сохранении, а об установке программ. Ну по порядку:
1. При установке приложения, программа Seup.exe (иногда Install.exe) выводит мастер установки. В окне мастера "Путь установки" выбираешь тот путь, куда желаешь установить программу. Для того, чтобы не засрать системный диск, устанавливай программы в другой раздел (например на диск D:\ ) Для этого на разделе можно создать папки: Games, Programs и т. п. Далее при установке выбирать путь к этим папкам. И пусть все там и лежит. На рабочем столе у тебя при установке программы скорее всего появляется ярлык для запуска этой самой программы. Он нужен только для быстрого доступа к программе и при желании его можно удалить или переместить в специально созданную папку "Ярлыки" (например) . Это решит проблему с захламленностью рабочего стола. В "Мои документы" вообще не нужно хранить ничего нужного. В случае краха системы восстановить данные будет весьма проблематично. Небольшие программки для работы в системе можешь устанавливать в путь "по умолчанию". Обычно это папка Program Files. Лично у меня иерархия папок организована как на картинке: