НДФЛ - купил квартиру в военную ипотеку. НДФЛ исчисляется с полной стоимости или только суммы вложенных личных средств?

Не НДФЛ (налог на доходы физлиц) , а налоговый вычет.
Вы не можете получить налоговый вычетс суммы, вложенной государством. Только с личных средств. Но если их было не так уж много, подумайте семь раз. Право на вычет предоставляется раз в жизни с суммы до 2 млн, и если в эту квартиру вы вложили немного, то, может быть, есть смысл подождать и приберечь свое право? Вдруг вы будете приобретать другое жилье, тогда и воспользуетесь правом на вычет в полном размере, то есть сможете вернуть 260 тыс.