По-поводу шаблона и CMS

Не могу понять вот чего.
Если я рисую шаблон, потом верстаю его. У меня получается html код и таблица стилей. Как их загрузить в CMS, как примен ocStore, это я знаю. Я не понимаю, как CMS сможет понять где грубо говоря у меня файл категорий, где у меня корзина. Или это отдельный стандартный код который мне нужно будет брать именно для этой CMS. Или это отдельные плагины которые потом добавляются и сам шаблон тут не при чем. Что-то я запутался ((