Какие штрафные санкции могут нам выставить при несвоевременной сдаче НДС, если мы являемся НАЛОГОВЫМ АГЕНТОМ.

Это неважно, агент вы, или не агент.
Несвоевременное представление налоговой декларации является самостоятельным видом налогового правонарушения. Из буквального толкования статьи 119 Налогового кодекса РФ следует, что привлечение к ответственности за такое правонарушение не зависит от того, какая сумма налога указана в декларации и когда организация заплатила налог по этой декларации (досрочно или с опозданием) . То есть даже если налог в бюджет поступил вовремя, а декларация сдана с нарушением срока, организация должна заплатить штраф в установленном размере. Таким образом, отсутствие у организации суммы налога к уплате по итогам конкретного налогового периода или уплата суммы налога в установленный законодательством срок само по себе не освобождает ее от обязанности сдать декларацию за этот период (п. 7 и 13 информационного письма Президиума ВАС РФ от 17 марта 2003 г. № 71, постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 26 марта 2008 г. № Ф04-2170/2008(2971-А46-42)). Аналогичная точка зрения отражена в письмах Минфина России от 7 октября 2011 г. № 03-02-08/108 и от 16 января 2008 г. № 03-02-07/1-14. Ссылаясь на факт своевременной уплаты налога в качестве смягчающего обстоятельства, организация может снизить штраф за несвоевременное представление налоговой декларации (см. , например, постановления ФАС Волго-Вятского округа от 22 января 2008 г. № А82-5165/2007-99, Дальневосточного округа от 2 мая 2007 г. № Ф03-А73/07-2/951).

При этом, если налог уплачен вовремя (досрочно) , штраф за несвоевременно сданную декларацию взыскивается в минимальном размере (письма Минфина России от 21 октября 2010 г. № 03-02-07/1479, ФНС России от 26 ноября 2010 г. № ШС-37-7/16376). Минимальный размер штрафа, предусмотренного статьей 119 Налогового кодекса РФ, составляет 1000 руб.