Действительно закон на стороне беременной женщины. Вы не можете её уволить по своей инициативе, т. к. запрещает ст. 261 ТК РФ, но вы можете наложить дисциплинарное взыскание в соответствии со ст. 193 ТК РФ в виде замечания или выговора как и на любого другого работника, при совершении дисциплинарного проступка. Конечно, беременная понимает, что крайнюю меру дисциплинарного взыскания в виде увольнения вы применить не сможете и может дальше нарушать трудовую дисциплину. Тогда наказывайте рублем. Если она постоянно опаздывает или не выходит на работу, то в табеле проставляйте фактически отработанное время (фиксируя опоздания и неявку без уважительной причины актами) , что безусловно отразится на её з/плате. Если у вас премиальная система оплаты труда, то за нарушение трудовой дисциплины премия не начисляется. Либо предложите ей работать неполное рабочее время (ст. 93 тк рф) , с оплатой труда пропорционально отработанному времени. Возможно задумается.