если пенсионер продаёт квартиру которой владеет меньше трёх лет, то должен ли он платить налоги и какие???.

Должен.
Доходы, полученные от продажи имущества, бывшего в собственности менее 3-х лет, облагаются налогом на доходы физических лиц.
Уплатить налог нужно будет до 15 июля года, следующего за годом продажи.
Рассчитать его можно двумя способами:
1. Если квартира куплена и сохранились подтверждающие это документы (договор купли-продажи + документы, подтверждающие оплату, например расписка) , то полученный от продажи доход можно уменьшить на сумму расходов на приобретение В это случае налог составит 13 % с разницы между ценой продажи и ценой покупки.
2. Если документы не сохранились либо квартира получена по безвозмездной сделке (приватизирована, подарена, унаследована) , то доход, полученный от продажи, уменьшается на фиксированный вычет в 1 млн. руб. Налог уплачивается в размере 13 % от суммы, превышающей 1 млн. руб.
Кроме того, до 30 апреля года, следующего за годом продажи, нужно обязательно подать декларацию формы 3-НДФЛ.

Пенсионеры от обязанности уплачивать налог на доходы физических лиц с таких сделок и обязанности предоставлять декларацию не освобождены.