Можно сделать шенгенскую визу в С-Пб, не имея регистрации в этом городе?

Можно, если у Вас есть регистрация на Северо-Западе России. Если её у Вас нет - Вам нужно обращаться в то консульство, которое обслуживает регион, где Вы зарегистрированы.