В какие "органы"нужно обратиться, что бы проверили на предприятии купленный диплом?

Предприятие государственное или частное?
Какова цель проверки?
Вы кем являетесь и какое отношение имеете к данной ситуации?

начни с института в котором его купили. институты получают номера и корки дипломов из министерства. следовательно если такого номера нет то и диплом купленый

Надо сделать запрос в архив вуза.

Предприятие само может сделать запрос в институт

ИБДР... МВД РФ...

и никак не меньше....

в универ или институт направляется официальный вопрос по факту соответствия подлинности диплома! А там уже решать из результатов этого запроса