Все зависит от вашей учетной политики. Есть 2 способа учета транспортных расходов: включать их непосредственно в стоимость доставленных материалов или собирать на счете 15 и затем распределять на списанные материалы в процентном соотношении.
Если у вас принято включать ТЗР сразу в стоимость материалов, то при поступлении напр. масла от ООО Ромашка на сумму 100 000 руб с выделенной суммой доставки 3000 руб, в 1С заполняете документ "поступление товаров и услуг" и на закладке "товары" вводите масло на общую сумму 103 000 руб. по счету 10. Если доставку осуществляла другая компания, напр. ООО Грузовик, то заполняете документ "поступление дополнительных расходов", в котором вводите доставку 3000 руб. с обязательной привязкой к номенклатуре "масло", тогда расчеты пройдут с ООО Грузовик, а стоимость приобретенного масла сформируется опять же на сумму 103 000 руб на счете 10.
Если для учета ТЗР вы используете б/с 15, то доставку ООО Грузовик вводите отдельным документом "поступление товаров и услуг" и заносите 3000руб. во вкладку "услуги" по счету 15. Но! тогда и при доставке самим поставщиком в документе "поступление товаров и услуг" от ООО Ромашка на закладке товары вводите только масло на сумму 100 000 руб. по счету 10, а доставку вводите в этом же документе во вкладку "услуги" по счету 15. Тогда в обоих случаях сформируется стоимость масла 100 000руб. на счете 10 и сумма ТЗР 3000 руб. на счете 15. В дальнейшем при списании материалов со сч. 10 списывается и соответствующая доля ТЗР.
Первый способ применяется, когда закупок не много, и вы точно знаете какая доставка какой закупке соответствует. У нас, например, одна машина может отвозить наш товар, на обратном пути везти сырье от поставщика, по дороге захватить сырье еще у двух поставщиков, при этом материалы могут прибыть в одном месяце, а акт на доставку перевозчик выставит уже в следующем, в таких условиях определить в какой сумме и на какие именно материалы отнести транспортные расходы практически невозможно, поэтому мы собираем ТЗР на счете 15 и потом распределяем на стоимость списанных материалов пропорционально по правилам списания ТЗР.
Но в любом случае методика должна быть одна, а делать "то так -то так" как описано в вашем вопросе не правильно.