В чём отличие сумм программно начисленой пени в КЛС и в таблице расчета пени, каким данным нужно верить ?

В принципе разницы между ними не должно быть.
Программно начисленная пеня - это пеня, рассчитываемая техпроцессом "Операционный день" ежедневно. Она учитывает состояние карточки (начисления, уплаты и сроки представления деклараций и уплаты налогов) . Таблица расчета пени расшифровывает начисление пени, показывая размер недоимки, дату ее возникновения и погашения, период существования и сумму начисленной на нее пени.
Сальдо расчетов КЛС и в таблице расчета пени могут не совпадать, например:
- на авансовые платежи (по налогу на прибыль, например, не уплаченный вовремя авансовый платеж в КЛС становится недоимкой на следующий день после истечения срока уплаты, а в таблице расчета пени неоплаченный аванс будет учитываться только после представления декларации по налогу за истекший период) ;
- на платежи, "зависшие" в состоянии "невыясненные" - до момента уточнения их реквизитов;
- на начисления, взыскание которых запрещено судом (приняты обеспечительные меры в виде запрета взыскания или, например, задолженность включена в реестр требований кредиторов) .
Есть и другие нюансы.
При прочих равных более точным является расчет в таблице расчета пени.
Но если по суммам эти расчеты не совпадают - нужно искать причину; что-то в карточке отражено неверно.