Надо ли отрабатывать при увольнении, если работаешь на время отсутствия основного работника

Да. 2 недели в обязательном порядке. От этого уж никуда не деться...

Если работник выходит и у Вас был срочный договор на время его отсутствия, то Вас должны уведомить за 3 дня и все. А если Вы сами решили уйти - две недели на общих основаниях.