Как заставить компьютер запоминать настройки?

Недавно на своем компьютере обнаружил следующую неполадку.
Каждый раз, когда я в CCleaner'е убираю Торрент с автозагрузок (из списка программ, которые открываются при включении компа) , первые два включения настройка работает верно, но затем сбрасывается и Торрент снова открывается после включения.
Также, в некоторых приложениях при каждом запуске появляется "предупреждение системы безопасности", которое можно избежать, убрав галочку с "Всегда спрашивать при включении этого файла". Но сколько я эту галочку ни убирал, окно с предупреждением не перестает мусолить мне глаза.
То есть, компьютер не запоминает некоторые настройки. Сам я толком в этом не разбираюсь и надеюсь на Вашу помощь.
Заранее благодарен.