нужно ли проходить медкомиссию в военкомате, если ВУЗ дает отсрочку?

ДА!
в военкомате своя комиссия и если необходимо они вас направят к специалистам дополнительно, но если вы по своей личной инициативе пройдете некоторых врачей и принесете результаты, они не будут иметь никакой силы.
далее вы будете приносить до определенного срока справку о том, что учитесь в учебном заведении.