могут ли через 2 месяца после закрытия ИП выписать штраф за не вовремя сданный отчет по НДС....

Могут.
Это ликвидация предприятия прекращает все отношения с налоговой полностью.
А индивидуальный предприниматель - это особый статус физического лица. При прекращении этого статуса обязанности физического лица, относящиеся к периоду ведения им предпринимательской деятельности, не прекращаются. Это означает, что за физическим лицом остаются все долги, образованные в период предпринимательства (до полного их погашения) , и обязанности по представлении деклараций за время предпринимательства в том числе.
Так что и к налоговой ответственности за неисполнение этих обязанностей физическое лицо, утратившее статус предпринимателя, привлечь могут вполне правомерно. К тому же, учитывая, что камеральная проверка (а проверка декларации к таким относится) длится три месяца, штраф за несвоевременное представление декларации через два - вполне в рамках закона. Этот штраф только взыскать нельзя будет в бесспорном порядке - только через суд.
Кроме того, в течение трех лет, бывшего предпринимателя еще и на выездной проверке проверить могут. Это тоже вполне законно.