Откуда в слове "вырубленные" взялась буква "л"?

Это чередование б - бл ( любить - люблю) . Есть еще чередования м - мл (кормить - кормлю) , п - пл (терпеть - терплю) , в - вл (ловить - ловлю) . То есть корень в вашем примере имеет внешний вид либо руб-, либо рубл-.
Более привычно выглядит чередование раст - ращ - рос, известное в связи с правилом орфографии. Или лаг-лож. А вообще корней с чередованиями очень много.