Как мне оплатят учебный отпуск, если я до н. вр. проработал на этом месте 2 месяца

Насчитают сколько положено - по среднему. Срок вашей работы на расчет не повлияет.
Просто это был намек, что с вас доплаты снимут: возможно не начислят их за уже проделанную работу. В сфере образования любят это делать, т. е. превращать доплаты в рычаг экономического порабощения работников.