если компания другого региона

если компания имеет филиалы в других регионах, Московская компания имеет еще филиал в Самарской области. При трудоустройстве оформляют как Московская фирма пишут в документах, но работа-то в Самаре. Как тогда с отчислениями и оформлением? Перечисляется все как куда и прочее? Просто я всегда в местных компаниях работала, поэтому тонкостей не знаю.