Могу ли я, имея только внутренний российский паспорт, с загранпаспортом украины пересекать границу российской федерации?

С какой стороны куда Вы собрались ехать? Зачем? Собираетесь ли возвращаться?
Обдумайте всё.
С российским пограничниками проблем не будет.
Но проблемы будут с украинскими пограничниками, так как в Украине запрещено двойное гражданство (в России оно тоже запрещено) . Я видел как украинские пограничники просматривают у людей паспорта: они смотрят весь паспорт (это было ещё до кризиса) , все печати, откуда и куда Вы ездили. Если у Вас в загран паспорте стоит выезд с Украины и нет въезда в Россию, то это значит что Российскую границу Вы пересекали по какому-то другому паспорту, это повод задать Вам дополнительные вопросы. Они профессионалы, и выведут Вас на чистую воду.
Пользуйтесь каким-то одним паспортом. Но если Вы въедете в Россию по украинскому загран паспорту, то будете обязаны соблюдать все правила нахождения иностранцев в РФ, иначе Вас при выезде привлекут к ответственности. Пребывать в России иностранец может 90 дней в течении 180 дней.