ИП арендует площадь в магазине, должна ли я платить ЕНВД раз в квартал хозяину по мимо аренды?

Если есть оформленный договор субаренды и вы являетесь ИП, то вы сами должны отчитываться в налоговую и платить ЕНВД (если выберете эту систему налогообложения) .
Если ваш арендодатель сдал вам площадь не официально, но у него самого есть официальный договор аренды, то имея действующий магазин, он должен отчитываться в налоговую и платить налог. Всё зависит от того, как вы с ним договоритесь, ведь вы арендуете не официально. Обычно в таких случаях налог оплачивает тот, кто работает, то есть вы.