По ст 119 НК РФ штраф за несданную декларацию за 2-й квартал 1000 рублей или 1000Х3 месяца, декларация нулевая

Здесь берутся не месяцы, а отчёт (т. е. Декларация) как таковой. Если он не сдан у вас за один квартал то один отчёт Х один период. Вот если вы не сдавали отчёт год, то тогда один отчёт Х четыре периода. Поэтому в вашем случае вы платите просто 1000 руб.

Статья 119. Непредставление налоговой декларации.
1. Непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета
влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов не уплаченной в установленный законодательством о налогах и сборах срок суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основании этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 1 000 рублей.
т. е штраф берется именно за декларацию, а декларация сдается один раз в квартал 20 числа, штраф начинает действовать с 21 и .т. д