ДК
Дима Курильский
VidLogo - простая и понятная
http://www.lamerkomp.ru/load/sistemnye_utility/vaz/vidlogo/33-1-0-3135
Лучше скачать большую Sony Vegas,а остальными маленькими только качество видео испортишь.
Наложение логотипа.. . сперва создай логотип.. . это делается почти в любой программе видеомонтажа, только придется повторно кодировать и качество видео при этом станет хуже