а система к какой группе относится, это доступ программ к папке?

1. это доступ не системе, а К системе, а точнее к папке "program files".
2. системные файлы всё равно изменять обычным способом не получится - они заблокированы Виндой от кривых рук Юзверей!
3. если запретить системе обращаться к файлам - некоторые программы тупо не стартанут!!