Ежедневно выписывать путевые листы на каждую машину с указание маршрута и целей. По путевым листам списывается бензин согласно норм расхода по каждой марке транспортного средства. Выписываются счета-фактуры покупателям услуг с указанием товаротранстпортной накладной на перевозку груза, с приложением акта выполненых работ. Учет выписок банка, при безналичном расчете с покупателями. Касса, при наличном расчете, не забывайте есть ограничения в сумме оплаты счета-фактуры. Честно лимит не знаю. давно работаю только по безналу. В расчетных ведомостях ведете расчет заработной платы, выплату. Расчетная ведомость даст сумму НДФЛ на перечислени ежемесячно и общую сумму за год для 3НДФЛ по каждому работнику. От общей суммы начисленной зарплаты расчитываете внебюджетные фонды (ПФ, ФСС. ФФОМС) . Это общее для любого вида налогообложения, далее остаются особенности налогового учета, но Вы не указали на каком режиме налогообложения находится ИП.