Снимут ли с гарантии автомобиль?

Ставьте СМЕЛО. Это ваш товар, вы вправе распоряжаться им по своему усмотрению, как пожелаете (в рамках закона разумеется) .

Не придавайте особого значения т. н. условиям гарантии.

Навязывание дополнительных услуг запрещено законодательством, а гарантийный срок по определению не может быть обусловлен никакими условиями, он либо установлен, либо не установлен, и продавец по закону отвечает за недостатки и обязан удовлетворить ваше требование, если при действующем гарантийном сроке не докажет вашу вину в возникновении недостатка.
Заявить мало, продавцу нужно ДОКАЗАТЬ ПРИЧИННО-СЛЕДСТВЕННУЮ СВЯЗЬ между заявленным потребителем недостатком и заявленной продавцом причиной возникновения недостатка, т. е. - что замена вами сигналки является причиной возникновения недостатка. И если продавец докажет такую связь, то по этому недостатку уже не отвечает, но продолжает нести ответственность за другие недостатки, которые могут возникнуть в товаре в будущем.
Иначе, каждый продавец снимал бы с себя ответственность и отказывал бы - "ой, смотрите, у вас тут микроскопическая царапина на корпусе, или вы не у нас сигналку ставили, поэтому ремонтировать не станем". Но, ответственности с него ха недостатки подобные голословные заявления не снимают.