Незаметно всё-равно не получится, а если нужно быстро - то только именно "заплатку" на старшую дорожку положить. Прямо в титровщике создаём фигуру (круг, квадрат, прямоугольник, или что там нужно) , и кидаем её поверх видео.
Новый слой и там свое лого. или просто круг или квадрат.
либо раздобыть оригинал видео без лого.
как вариант кадрирование.
На пример Fast Blur или мозайка или квадрат или круг или еще какой либо вариант ...
Кладем вторую дорожку сверху, обрубаем 4-х или 8-ми точечно маcкой из папки Keying по размеру логотипа и добавляем эффекта Blur, а можно Mosaic из папки Stylize на эту же самую (верхнюю дорожку) и УСЁ. Ну я бы так сделал.
Если логотип небольшого размера, то можно вывести его за границы кадра, применив к этому кадру масштабирование на увеличение и смещение по X и Y. Правда вместе с логотипом "съестся" и часть основного изображения. Если это не критично, то такой приём имеет право на существование.