Если клиент на упрощенке, но выставляет счет на оплату с НДС. Обязаны ли мы оплачивать сумму с НДС??

Вы с таким подходом разоритесь нафиг. Бухгалтера не хотите нормального на работу взять. НДС платит продавец. Вы же вправе принять выставленный НДС к вычету, но если Ваш контрагент не является плательщиком НДС у Вас при проверке могут возникнуть проблемы.
Подходим с другой стороны. Вам выставили счет, в котором выделен НДС, Вы должны оплатить счет полностью, в том числе и выделенный НДС, другой вопрос, возможность принятия НДС к вычету. Ну это см. выше.