можно ли договором сторон изменить подведомственность между судом общей юрисдикции и арбитражным судом?

Вы путаете понятия "подсудность" и "подведомственность".

Подсудность можно изменить только по делам, которые подведомственны данному суду.
У арбитражных судов своя категория споров, у СОЮ - своя.
Поэтому нельзя изменить подсудность дела, подведомственного другому суду.