по какой статье Налогового Кодекса РФ оперирование вагонов освобождается от НДС?

ни по какой. К экспорту применяется ставка 0. А освобождение от НДС совершенно по другим основаниям. От системы налогообложения зависит, от оборотов фирмы (глава 21 НК РФ)