Фирма- застройшик. Есть 1 учредитель 100% капитала.

Договор дарения, потом акт приема-передачи, ген. дир платит 13% ндфл с подарка, а даритель исключает себестоимость квартиры из налогооблагаемой базы по налогу на прибыль

Оформить договор дарения конечно можно (дарить только будет не учредитель (выносит решение о дарении) , а фирма) , только возникает очень много вопросов - взаимозависимость, налог НДФЛ, рыночная стоимость и пр.

а генеральный директор наскребет потом на оплату налога с дохода ?
(причем "по себестоимости" - не прокатит)

Может, если хочет на продажную стоимость заплатить страховые взносы в размере 30%, а директор не забудет заплатить НДФЛ 13%. Здесь стоимость квартиры приравнивается к зарплате со всеми вытекающими...