если считаете и верите, что человек есть душа в теле, то, когда говорите "я", подразумеваете душу?

Марина, с Вашего позволения я пройдусь по разным религиозным учениям.
Библейское богословие говорит о том, что душа и тело тесно связаны. Для этого даже есть специальный термин: "саркс" - с греческого переводится как "одушевлённое тело" - это тесное органическое единство души и тела. Поэтому говоря "я" христианин подразумевает и душу и тело.
Буддист вообще не верит, что душа есть. "Крайне глупо было бы утверждать, - говорит один из лам, - что мы верим в какого-то бога и в то, что у человека есть душа". Говоря "я", буддист подразумевает только тело.
Индуист тоже не верит в душу, как склонно её понимать европейское сознание - как личностную субстанцию. Душа - часть безличностного брахмана. Ей нужно "высвободиться" из темницы - тела путём аскетических упражнений и перерождений из одного тела в другое и слиться с этим безличностным Абсолютом. Поэтому говоря "я" индуист подразумевает, скорее, весь мир, т. к. Брахман есть мировая душа.
Что подразумевают мусульмане - трудно сказать. Их богословие в этом моменте выглядит довольно размытым.
Античный грек и его последователь - неоязычник, говоря "я" подразумевают душу. Тело для них - бренная темница светлой души. Это своего рода платоновский мейнстрим, являющийся априори верным для указанного течения. Именно поэтому проповедь о воскресении Христа так разозлила греков в книге Деяний.

Душа это весь человек.

Не всегда. Это очень сложный вопрос.
Есть вы, какими вы себя считаете.
Есть вы, какими вы себя хотите считать.
И есть вы, какими вас видят другие.

Вопрос в том, какого себя вы выберете в каждом конкретном эпизоде.

Когда наступили кому-то на ногу в автобусе, подразумеваем тело. Не поверите.
"Я" - это единство тела и души.

душа это процесс. .

..функционирования тела

души нет. есть сознание человека, обусловленное работой коры головного мозга. ни больше, ни меньше.

Да уж.. ) сколько людей - столько и мнений. Логичнее и правильнее отождествлять себя с "душой" (на самом деле душа - это совокупность нескольких тел человека: астрального, ментального и пр.) , поскольку тело - это всего лишь временная оболочка, в которой я нахожусь, чтобы отработать карму этого перевоплощения. Но осознание этого - нелегкий процесс и подавляющее большинство отождествляет себя именно с телом.