могу ли НДС оплатить общ суммой за 3 квартала. Будет ли штраф.

если вы не оплатили вовремя, то сейчас конечно можно внести всё сумму, она пойдёт на оплату долга и на текущий платёж. Но от санкций за просрочку платежа это не освободит. Программа считает пеню автоматически, так что уточняйте с суммой.