Как вычислить процент?

3512*100/(5460-3512) - 100 = 80.28% прибыли

Вообще чтобы узнать прибыль в торговле надо от Выручки (5460) отнять себестоимость товара. А себестоимость товара равна: закупочная стоимость товара (3512) + расходы на сбыт и др. текущие расходы по закупке и реализации.
У тебя ничего не сказано про расходы на сбыт. А так НЕ бывает! В реальной торговле. Ну там ёлками-палками, конфетами да пряниками. Так бывает только в биржевой торговле (валюта, акции) и то не всегда.
Таким образом, получается, что мы найдем по твоим данным не прибыль, а валовый доход. То есть маржу. Это не совсем точный показатель.
И так найдем этот самый валовый доход = 5460 – 3512 = 1948 руб.
Теперь твой «процент». Разберёмся: что это такое? Ну это же рентабельность! То есть степень доходности сделки, бизнеса, товара и т. д.
Бывает рентабельность продаж, бывает рентабельность издержек.
То есть формула рентабельности такая:
Прибыль разделить на какой-то ключевой показатель и умножить на 100%.
Прибыли у нас нет, поэтому используем эту самую валовую маржу (1948).
Издержек (себестоимости) у тебя нет. Ну приблизительно можно взять стоимость закупки. Тогда считаем рентабельность издержек так:
Rи = 1948/3512*100% = 55,46697039%
Рентабельность продаж:
Rп = 1948/5460*100% = 35,67766%
Вот и будет у тебя два показателя рентабельности – т. е. ставка доходности сделки в процентах.
Так что напрашивается дополнительный вопрос: "процент прибыли" - это от ЧЕГО или по отношению к ЧЕМУ: к издержкам или к выручке?

(5460р - 3512р) / 3512р

это валовая прибыль (учитывет только расходы в виде себестоимости проданного).
Еще ест вопрос с НДС - у тябя там цены включают НДС или нет?

Прибыль:
ДОХОД/РАСХОД*100-100

В Вашем случае:
5460/3512*100-100=55,47..%

Проще говоря, вам надо просто определиться, процент от чего вы хотите найти.
Прибыль = 5460-3512 = 1948. Дальше вы её делите либо на себестоимость (3512) либо на выручку (5460). Оба показателя имеют смысл, а вот какой из них вам нужен - это только вы сами можете сказать.