Я подал в налоговую заявление о переходе на УСН с момента регистрации в качестве ИП

В следующий раз, со всех документов для налоговой, и не только для неё, снимайте копии. В очередях не стойте, а отдавайте бумаги через концелярию, где Вам и поставят штампики входящих документов на копиях. Копии со штампиками являются документом и доказательством...

Почитайте в интернете, но по-моему при регистрации можно выбрать УСН и без уведомления, просто начинайте работать и отчитывайтесь за год как упрощенцы.
Вновь созданные организации и вновь зарегистрированные индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на упрощенную систему налогообложения, вправе подать заявление о переходе на упрощенную систему налогообложения одновременно с подачей заявления о постановке на учет в налоговых органах. В этом случае организации и индивидуальные предприниматели вправе применять упрощенную систему налогообложения в текущем календарном году с момента создания организации или с момента регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя.

Заявление о применении упрощенной системы налогообложения необходимо подавать не вместе с документами на регистрацию, а в течение 5 рабочих дней с даты постановки на учет в налоговом органе, указанной в свидетельстве о постановке на учет в налоговом органе, т. е. после получения вами свидетельства о регистрации в качестве ИП. Вы совершили ошибку, которую никто их должностных лиц ИФНС не помог вам исправить.
Поскольку сейчас срок для перехода на УСН вами пропущен, необходимо выбрать иную систему налогообложения. В следующем году с 01 октября по 30 ноября подадите в налоговый орган по месту своего жительства заявление о переходе на УСН со следующего года и будете работать по данной системе.
Впредь будьте внимательнее и если сомневаетесь в правильности совершаемых действий - обращайтесь к специалистам.