можно ли удалять файлы из C:\WINDOWS\Prefetch?

Задача Prefetcher Service - уменьшить время запуска приложений и время загрузки системы. Файлы, используемые этим сервисом, находятся в папке %systemroot%\prefetch.
Управление осуществляется с помощью следующего ключа реестра, его же используют и различные твикеры:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Memory Management\PrefetchParameters
DWORD EnablePrefetcher, параметр может принимать следующие значения:
0 - отключить сервис
1 - упреждающая выборка приложений
2 - упреждающая выборка приложений, запускаемых во время загрузки системы (используется Windows Server 2003 по умолчанию)
3 - включены обе упреждающие выборки (пп. 1 и 2) используется Windows XP по умолчанию
Перезагрузите компьютер, чтобы изменения вступили в силу.
Многое зависит от задач, для которых используется система. Если Вы включаете комп и сразу запускаете контру или садитесь печатать курсовик в Word-е, то смысла в выборке запускаемых приложений нет никакого. Общая экономия времени при работе будет мизерная.
Соответственно и обратное.
Иногда заглядывать туда стоит, так как со временем там может скапливаться приличное число прог.
Слудует также следить за чистотой своей системы, так как в этой папке могут иногда находиться и вредоносные объекты.
Насчет минусов, то Prefetch быть причиной фрагментации системного диска, правда незначительной.
Кроме того, в некоторой степени может тормозиться загрузка системы, особенно на последнем этапе. Поэтому можете оставить только выборку приложений, запускаемых во время загрузки системы.
Очищать папку можно с помощью bat-файла, поместив его в паку Автозагрузка (Start Up):

легко

из википедии
Мифы и реальность

Существует несколько распространенных мифов о Prefetcher:
Добавление ключа «/prefetch:1» в строку запуска приложения ускоряет его загрузку.
Этот миф основывается на том факте, что после установки операционной системы в строке запуска Windows Media Player изначально указан ключ «/prefetch:1». В реальности добавление этого ключа само по себе не дает никакого эффекта, а в некоторых случаях приложение может отказаться запускаться совсем [4].
Удаление файлов из папки %SystemRoot%\Prefetch ускоряет работу компьютера.
Этот миф основывается на предположении, что в папке %SystemRoot%\Prefetch скапливается слишком много файлов, поэтому Prefetcher начинает «тормозить» систему. В реальности очистка вышеуказанной папки приводит к замедлению работы компьютера до тех пор, пока трассировочные данные не будут снова накоплены [4].
Со временем папка %SystemRoot%\Prefetch начинает занимать много места на диске.
В большинстве случаев это можно рассматривать как миф. В целях экономии дискового пространства максимальное количество трассировочных файлов ограничено 128[4]. Очистка папки %SystemRoot%\Prefetch не требуется, так как Prefetcher обслуживает себя автоматически без участия со стороны пользователя [2].

В гугле поищи что такое Prefetch