В первой Омской крепости было четверо ворот: Спасские (со смотровой площадкой) вели на Иртыш, Знаменские (самые большие, с масштабной башней) обращались на Томск, Шестаковы выходили на Барабинскую дорогу, Никольские смотрели на крутой берег Оми.
Уже к середине 18 века первая Омская крепость функционально устарела. В то время в ней жили около 250 казаков и военных, а также ссыльные. Прибывший на место военный командующий поставил вопрос о необходимости возведения новой крепости — на противоположной стороне реки.
Вторая Омская крепость — сегодняшний культурно-исторический комплекс — была построена в 60-х гг. 18 века и занимала площадь в 5 раз большую, чем первая. По углам у нее было 4 бастиона и 3 полубастиона. Внутри располагались все важные административные здания: гауптвахта, гарнизонная и азиатская школы, Лютеранская церковь и Воскресенский собор, комендантский дом, цейхгауз. Острог для каторжников находился в крепости, на самом краю.
Постройкой занимались преимущественно арестанты. Вплоть до второй половины 19 века в остроге при крепости содержались сотни каторжников. Среди них был и Ф. М. Достоевский.
