почему базаров был обречен на погибель?

Лучше все же "на гибель". Базаров умирает от случайного пореза пальца, но с точки зрения Тургенева, его смерть закономерна, это фигура трагическая и "обреченная на гибель". Вот почему он "умертвил" героя. 2 причины: одиночество и внутренний конфликт Базарова. Новые люди выглядят одинокими по сравнению с огромной массой остального общества. Базаров - представитель раннего революционера-разночинца, один из первых в этом деле, а первым всегда трудно. Тургенев не показал единомышленников Базарова, этим лишил его дело перспективы. У Базарова нет положительной программы, он только отрицает, нет ответа на вопрос "а что делать дальше? ". В этом бесперспективность романа (и героя) . Автор не понимал подобных людей, не мог наблюдать за ними в их развитии, не смог наметить поэтому будущее своему героя. Выход один - умертвить этот персонаж на страницах произведения. И еще. Тургенев считал, что Базаров, влюбившись, изменил собственным принципам, стал романтиком помимо своей воли, а в возможность гармонического соединения в новых людях романтики и силы гражданского духа Тургенев не верил. И все-таки он любил своего героя, повторял, что тот "умница" и "герой". Тургенев хотел, чтобы читатель полюбил Базарова (но не базаровщину - нигилизм) со всей его грубостью, бессердечностьб, безжалостной сухостью (по письмам и статьям Тургенева).

такова была воля автора

слишком рано появился не в ладах с самим собой Вроде добр- а после себя оставляет цинизм и развалины

Именно, что обречён. Читала давно, но школьную трактовку смысла пересмотрела недавно. Думаю, по той же причине, по которой погиб Башлачёв в своё время, и многие... многие. Потому, что Базаров прежде всего был мыслящим человеком. А таким людям рано или поздно, но всегда становятся тесны рамки предлагаемых обстоятельств, и непременно, однажды для них теряют силу прежние авторитеты. Да и груб, и нигилист и всё такое, но всё это не от отсутствия любви, а от её избытка в нём. Он пытался прорваться сквозь эти рамки, но не мог. Ему было скучно жить, но при этом, он хотел жизни, он хотел работы и был полон любви к жизни. И момент смерти всё объясняет. Ведь автор умертвил Базарова именно таким способом. Герой умер из-за заражения при порезе пальца в процессе работы над трупом тифозного мужика, который, как предвестник, был привезён ещё живым, но уже умирающим в дом к Базаровым. Я вижу в порезе символ прорыва, который стал возможным только таким способом. Он сам перед смертью говорит: любовь-форма, а раньше, в начале приезда к родителям, Базаров цитирует крестьянских мальчишек, поющих "новые" песни: "время верное приходит, сердце чувствует любовь". Я думаю, этим он нашёл ответ и примирение с собой. Он сам был той формой, через которую пыталась прорваться любовь, в самом широком смысле этого слова, которую он чувствовал в себе, но не мог выразить. И так же вижу символ условного примирения "Отцов"и "Детей" в совместной практике отца и сына перед смертью Базарова. Так я думаю теперь.

Если дословно воспринимать вопрос, то он, будучи медиком, подцепил смертельную заразу, по-моему корь, и от нее в мучениях скончался.
Еже ли в плане задумок Тургенева, то, я считаю, что он погиб, как образ непризнанного, не нашедшего места в той жизни, человека. Это мое личное мнение. Я могу ошибаться, так как читал очень давно.