Если вставить чистую флешку на компьютер зараженный вирусами, то флешка может заразится ими тоже?

нет

вполне
кстати некоторые программисты именно по этому таскают с собой флешку с защитой от записи

Если есть вирусное ПО, которое умеет копировать себя на флешку, но вот запустится ли оно на другом компьютере - вопрос.

Раньше (во время Windows XP) был автозапуск дисков и флешек, если они содержали в себе файл autorun.ini (или inf), там прописывалась программа, которая будет запущена при подключении флешки или диска.

Windows 7 автоматический запуск отключили, но возможность запуска программы, которая указана в файле autorun.ini осталась, но теперь только вручную

В любом случае: вирус - это всего-лишь обычная программа, это не червяк, который просто пожирает весь компьютер.

Если разработчик вируса захочет чтобы его вирус удалял файлы, он это сделает.
Сам вирус не будет ничего делать сверх того, что в него заложил программист

Если антивирус с брандмауэром стоит то вряд ли что ч с флешки проникнет на ПК

смотря какие вирусы. Если они направлены на распространение через носители, то да

в зависимости от вируса

Черви = механически себя прописывают как только что-либо обнаруживают. Остальные = не разбирался до сих пор....

Некоторые могут автозагрузку записаться. лучше на ПК автозагрузку не использовать. А в целом сейчас вирусная обстановка уже не та, да и системы в этом плане сложнее. Под xp любой ребенок мог склепать что то с его механизмами.