Почему энергию атомной бомбы меряют именно в эВ, а не в Дж?

Причина психологическая, точнее - в нашем восприятии чисел.
Лучше всего человек воспринимает числа до пары десятков, худо-бедно нормально - до сотен, а потом всё воспринимается как "много", или "ну очень много", то же самое относится и к малым дробям.

Так что, когда есть возможность, физики стараются выбирать такие единицы измерения, которые позволяют оставаться где-то в этом диапазоне. Для этой же цели придумали и записывать большие и малые числа степенями 10.

Единица эВ более удобна в атомной физике, а Дж более удобна в термодинамике.
Атомные бомбы изучают в курсе атомной и ядерной физики, а не в курсе термодинамики.
Единица эВ связана с величиной элементарного заряда. Джоуль никак не связан с элементарным зарядом. В атомной и ядерной физике всё завязано на элементарный заряд.

Имейте в виду, что в эВ мерят энергию взрыва атомной бомбы только в атомной физике. В быту, например, взрывники или военные всё мерят в тротиловом эквиваленте.

Энергию бомбы измеряют в тротиловом эквиваленте, а не в эВ! В электрон-вольтах иногда измеряют энергетический выход ядерной реакции, потому что эта энергия для одного атома очень малюсенькая, как единица 1 эВ. Поэтому не надо писать умножения на 10 в степени или использовать экзотические приставки атто.
Точно также массу атомов в таблице Менделеева измеряют в а. е. м. , а не в килограммах.

с какой стати в эВ? ее измеряют в тротиловом эквиваленте. 1кг ТНТ=4,184*10^6Дж. 1мт ТНТ=4,184*10^15Дж.

особая единица, а ты что бобу хотел соорудить?:)