Долгое время создание первого гомункула приписывалось Арнальдусу де Вилланове, жившему в XIII веке. Один из наиболее известных «рецептов» получения гомункула предложен в XVI веке Парацельсом. Алхимик считал, что заключённая в особом сосуде человеческая сперма при нагревании и некоторых других манипуляциях (закапывании в конский навоз, «магнетизации», суть которой окончательно не ясна) становится гомункулом. «Вскармливался» гомункул путём добавления в колбу небольшого количества человеческой крови. Время вызревания гомункула, по Парацельсу, — сорок дней, рост гомункула — 11-12 дюймов.
Согласно представлениям XVII—XVIII веков, гомункул содержится в сперматозоиде, а при попадании в материнский организм преобразуется в человека; иногда и сам сперматозоид отождествлялся с гомункулом. Подобные воззрения получили название анималькулизма; одним из приверженцев анималькулизма был Левенгук, первооткрыватель сперматозоидов. Представления о гомункуле отразились во многих средневековых рисунках, обычно изображающих гомункула — маленького человечка, попадающего в материнский организм и значительно увеличивающегося в размерах. В XVIII веке академическая наука в лице одного из основателей эпигенеза К. Ф. Вольфа резко выступила против подобных преформистских представлений.
