Сервер QNAP, 1С и бухгалтерия.

Использовать NAS QNAP D2 в качестве сервера - это была очень сомнительная идея.
Сетевое хранилище предназначено несколько для других задач: хранить, видео/фото другой файлы, бекапы и т. п., т. е. этот QNAP предназначен в первую очередь именно для хранения данных, а никаких не для работы с базой данных 1С.
Используйте полноценную машину.
Если конфигурация на управляемых формах, то опубликуйте ее на веб-сервере (Apache или IIS) и подключайтесь с других машин по сети тонким клиентом 1С по http.
Если используется типовая конфигурация "Бухгалтерия предприятия" ред. 3.0, то ещё можно загрузить базу в облако и работать со всех ПК через интернет. По скорости и стабильности это будет на порядки быстрее, чем QNAP. По цене вариант в облаке будет стоить где-то по 600 руб. в месяц за каждого пользователя. В эту стоимость уже входит автоматическое обновление конфигурации и сервис 1С: Контрагент для автозаполнения реквизитов и проверки контрагентов по ИНН, что при небольшом количестве пользователей будет дешевле, чем подписка ИТС для локальной версии + не нужно покупать сервер + не нужно тратиться на администрирование, настройку и т. п.
На первый месяц доступ к облаку предоставляется бесплатно (до 5-ти пользователей), что бы вы могли самостоятельно оценить скорость, стабильность, доступность и удобство работы.

Сервер менять - чего ты ждал от 2-х АРМ ядер?

Я бы это сервером не назвал, это так, сторадж. Нужен простой комп, наго кинуть клиента, кабель к NAS. Все кому надо, заходить через комп RDP. Если с серверной частью, то ставить сервер на выделенный комп, остальным легкий клиент и по HTTP, как тут писали. Выше более детально. B не путайте NAS с обычным сервером!

Они к базе 1С, надеюсь, не по Wi-Fi подключаются? Помимо сети узких мест может быть много: могут быть блокировки на уровне Винды, может быть недостаточно скорости железа сервера, могут быть блокировки на уровне 1С (файловая база не рассчитана на параллельную работу), могут быть проблемы из-за настроек 1С.