Почему на Руси долгое время храмы были только деревянные?

Самый начальный этап развития древнерусского зодчества неразрывно связан с архитектурой Византии, откуда на Русь в конце Х~Х1 веков приходили мастера-строители, принесшие с собой технику кладки из плинфы, крестовокупольный тип храма, приемы и формы каменного строительства.

Количество строительных артелей на Руси в это время было минимально — за весь этот период на Руси (в основном, в Киеве) было возведено всего лишь около двух десятков монументальных построек, в то время как сама потребность строительства храмов в крестившейся Руси намного превышала возможности артелей мастеров-каменщиков, которыми она располагала. Потребности эти должны были удовлетворятся силами строителей-плотников, «древоделов» , искусство которых было для Руси традиционным с древнейших времен.

О строительстве деревянных храмов сразу же после принятия Русью христианства свидетельствует и летопись, сообщающая о том, что после крещения князь Владимир «повеле рубити церкви и поставляли по местом, иде же стояху кумиры» .

Позднее, в XII—XIII веках, когда количество строительных артелей на Руси увеличилось, и строительная изография стала более широкой, интенсивность монументального строительства, связанного, в основном, с княжеским заказом, 8 все равно не могла обеспечить потребностей общества в храмовом строительстве. Поэтому большую часть строительства храмов должны были взять все те же артели плотников. Письменные источники неоднократно сообщают нам об очень большом количестве храмов и монастырей в таких городах как Киев, Чернигов, Галич, Новгород, Ростов, однако количество известных нам монументальных храмов в этих городах значительно меньше называемых летописцами цифр. Даже если учесть, ЧТО далеко не все не дошедшие до нас монументальные постройки домонгольской эпохи еще обнаружены, все равно большая часть храмов, несомненно, была деревянными постройками. Скорее всего, таковыми были приходские кончанские храмы в большинстве больших древнерусских городов (за исключением Новгорода со второй половины XII века и, по- видимому, киевского Подола с рубежа XII и XIII веков) , монастырские храмы, возведенные не по княжескому заказу, храмы в тех городах, где не было своих строительных артелей, и уж, конечно, фактически все сельские храмы.
подробнее
Деревянная церковная архитектура

А почему избы были деревянные? Из чего умели из того и строили.

Потому что не было много бобров.