21 мая 1993 года, в связи с прекращением существования Союза ССР и в связи с образованием Пограничных войск Российской Федерации в составе Министерства безопасности Российской Федерации, указом Президента Российской Федерации, были учреждены флаги, вымпелы и бортовой отличительный знак кораблей, катеров и судов Пограничных войск Российской Федерации. [7]
12 июня 1993 года, в торжественной обстановке, была произведена замена флагов на кораблях, катерах и судах Пограничных войск КГБ СССР.
Основу флага составлял Военно-морской флаг Российской Федерации с другой пропорцией и цветом диагонального креста.
Описание флага кораблей, катеров и судов Пограничных войск Российской Федерации
Флаг кораблей, катеров и судов Пограничных войск Российской Федерации представляет собой полотнище светло-зелёного (глубокого) цвета с тёмно-голубым диагональным крестом (цвет — берлинская лазурь) , окантованным белой полосой.
Отношение ширины флага к его длине — один к полутора, ширины тёмно-голубой полосы к ширине флага — 1/7, ширины белой окантовки к ширине тёмно-голубой полосы — 1/2.
1 сентября 2008 года, Указом Президента России, в целях реализации единой государственной политики в области геральдики, сохранения и развития исторических традиций в области геральдики, был утверждён новый флаг кораблей, катеров и судов пограничных органов [8].
Описание флага кораблей, катеров и судов пограничных органов
Светло-зелёное прямоугольное полотнище, перекрещённое синим диагональным (Андреевским) крестом с белой каймой.
Отношение ширины флага к его длине — два к трём. Отношение ширины концов креста к длине флага — один к десяти. Отношение ширины белой каймы к ширине концов креста — один к двум.
Таким образом, пропорции и цвет диагонального креста стали соответствовать Военно-морскому флагу Российской Федерации.
