Почему в цветах флагов большого количества стран используется всего 3 цвета: красный синий и белый.

Это не совсем так. У меня ресурсов ответа не хватит при перечислении государств с зелеными, желтыми и черными цветами.
Здесь мы можем говорить о частном случае -странах Европы или другими словами странах, где основная религия - христианство и здесь причина в следующем:
- возникновение гербов и флагов - Х век (полный герб включал помимо щита и шлема флаг и девиз) . Необходимость возникновения гербов - попытка пометить добычу - прибить герб над воротами или повесить флаг на заборе. Рыцарям необходимо было как-то помечать награбленное, чтобы уберечь его от конкурентного грабежа соратников.
- основные войны тех времен - крестовые походы и здесь на первое место выходит красный цвет - цвет крови Христа. Крестовые походы - целая эпоха европейской истории, продолжавшаяся с 1096 по 1291 год. Церковь была крупнейшим феодальным собственником, и её алчность не знала границ.
- Во времена крестовых походов красный символизировал кровь, пролитую за Христа, первыми символическими наметами были как раз белые с красным. в эпоху возрождения красный цвет символизировал власть, Бог Отец изображался в синем и красном плаще, где синий обозначал небо, а красный власть. Красный цвет был также цветом кардинальской власти.
- обратный пример мусульманские государства - зеленый цвет преобладающий.
Так как флаги были непременным атрибутом воина, а в бою кровь нередко появлялась на одежде, то и цвет красный стал преобладающим.

Белые с черным символизировали честь и отвагу.
Желтые с синим – благородство и верность феодалу или королевству.
Сочетание красного и желтого – власть и монархия.
Черный и желтый – благородство и отвага предков.
Зеленый с белым – поздняя геральдика. Могло символизировать честь и богатство.
Белый с синим – честь и преданность феодалу

фантазия не работает

потомучто это символичиские цвета)