Как выдать админа bungee + бот фильтр?

Тебе выше сказали как.
groups:
md_5:
- admin
Вместо md_5 свой ник, но советую поставить рандомные числа или вообще убрать, лучше не выдавать админа.

Вот для permissionsEx
# Группы пользователей
groups:
eskander:
- admin
# Лимит игроков на BungeeCord сервере. -1 = выключено
player_limit: -1
stats: 09766011-684e-4af3-ab12-69532a998ade
# Права каждой группы пользователей
permissions:
default:
- bungeecord.command.server
- bungeecord.command.list
admin:
- bungeecord.command.alert
- bungeecord.command.end
- bungeecord.command.ip
- bungeecord.command.reload
listeners:
# Если искомый командой /server сервер не найден, игрок будет перенаправлен на этот сервер
- fallback_server: lobby
# Максимальне количество игроков на обоих серверах (действует только при включённом player_limit)
max_players: 1
# IP адрес сервера
host: 0.0.0.0:25577
# Размер таблицы игроков, всплывающей при нажатии TAB (зависит от tab_list)
tab_size: 60
# Включить ли при заходе игрока попадание его на fallback_server, независимо от точки отключения?
force_default_server: false
# Немного магии, лучше не трогать
texture_size: 16
# Два значение: GLOBAL_PING - показывает игроков на всех объединённых серверах; SERVER - на котором находишься
tab_list: GLOBAL_PING
# Описание сервера в списке серверов
motd: Another Bungee server
# Сервер, на который попадает игрок при первом подключении (лучше использовать то же значение, что и в fallback_server)
default_server: lobby

forced_hosts:
pvp.md-5.net: pvp
# Значение в МИЛИСЕКУНДАХ! АвтоКик, если клиент не может достучаться до сервера
timeout: 30000
# Ваши сервера, подключённые к BungeeCord.
# Заметтье, что порты у всех должны отличатся друг от друга
servers:
# Название сервера
lobby:
# IP адрес сервера
address: localhost:25565
restricted: false
# Сообщение дня сервера (выводится при переходе на него)
motd: Just another BungeeCord - Forced Host
# Онлайн мод. Ну, тут как с сервером
online_mode: true

Материал взят отсюда: http://rubukkit.org/threads/bungeecord-s-servera-na-server-bez-vyxoda-v-menju.40508/

/admin