"Autorun" скорее всего

Может! Включи отображение скрытых файлов а так же сними галочку в настройках видимости с пункта "Скрывать защищенные системные файлы" и получишь свои те две папочки.
А если полегче. То скачай вот этот архив. . Извлеки файл выполнения команд на флешку и запусти. Должны появиться твои папочки.

Скорее всего тебе не удасться увидить скрытые вирусом папки, даже если выставишь в настройках их показ... .
Создай bat файл и скопируй в него эти строки
@echo off
cd /
echo Please wait...
attrib /d /s -s -h
rd recycled /s /q
del *.lnk
pause
Сохрани. Скопируй файл на заражённую флеш и запусти. Всё отобразиться. Я могу тебе и скинуть, но обычно все ссикают .т. к. думают что вирусок хочу подкинуть.... дремучий народ))))

Используй Total Commander и не забудь включить отображение скрытых файлов.

Вирус мог создать и скрытые файлы, и скрытый раздел. В любом варианте, форматирование вот этим, а потом обычным способом, удалит с флешки абсолютно ВСЁ!

Autorun.inf — файл, используемый для автоматического запуска или установки приложений и программ на носителях информации в среде операционной системы Microsoft Windows
Авторан не является вирусом, он лишь помогает вирусу автозапуститься с флэшки.
Разреши показ скрытых файлов и увидишь все свои файлы, занимающие место на носителе

отформатировать не пробовал?))

просмотри скрытые файлы. Антивирус еще неизвестно какой. Поставь прогу USB Guard, она вылечит флешку и не даст попасть или вылезти от туда какому-либо вирусу. Работает автономно

там скрытые файлы? не?

Включи в "свойствах папкок" отображение скрытых файлов, может, найдется что