Как в файл в программу добавить свой код ?

Если нативный код и ты хочешь это делать руками, а не какой-то софтиной, которая, скорее всего, существует, то... я так понимаю, речь о виндах. если нативный код, то неплохо бы тебе знать структуру PE-файла, понимать как вызываются процедуры и тд. плюс к тому, это вызов из библиотеки. проще всего будет сделать явную загрузку библиотеки User32.dll через LoadLibrary и вытащить нужную функцию, потом приделать вызов с учетом соглашения о вызовах (stdcall), т. е. сохранить регистры, запихнуть аргументы в стек и т. д. Ну и нужно придумать то место, в которое будет добавляться код. Я этого не делал, не знаю. Предположительно нужно делать процедуру где-то в конце, чтобы не менялись адреса в остальном коде. Ну и после всего этого перезаписать заголовок PE-файла с учетом изменений. Для .NET черт его знает можно ли это реализовать. Ну т. е. реализовать скорее всего можно, но опять же нужно знать строение бинарника. И вся эта фигня 100% машинозависимая. Возможно, есть способ проще, но я этим не интересовался.

Если хочешь вставить код в чужую программу - не выйдет.
Если написать свою - то надо выучить какой-нибудь язык программирования (хотя бы основы) и скачать какую-нибудь среду разработки.

При запуске программы, должен вывестись msgbox? Правильно ?

Смотри тебе нужен какой то netbok++ там надо скрипт сделать вроде boc